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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出诸多的生物技术活力，属于抗良性肿瘤和抵抗疾病毒效应。常常，三萜是借助甲羟戊酸途经分解成的，并从天然的草本花卉和病菌中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊出了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论学习综述。该理论学习发觉三萜类类化合物虫草酸（GA）是完成液态物质养成的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物转化成行成的。实现转录组和核胆固醇组学系统进这一步摸索无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT行成俩种野生灵芝粉酸（GA）的缘由，并通过多个学系统查重到的文化对比表观遗传和文化对比核球蛋白，预测DHT 菌物提炼 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和的功能区分

能够对无柄虫草真菌感染菌丝体来进行转录组测序共收获67230个转录本和14297个单dna。在等单dna中，492被鉴定结论为不同展示dna（DEGs），这当中213个展示调涨，279个展示调整（图1A）。GO丰度探讨后，DEGs以分成生态学流程（BP）、人体細胞的成分（CC）和大分子职能（MF）3类。在BP类型中，导致了前这八个子类型：消炎药被分解转换成消化吸收流程，醋酸钠盐消化吸收流程和甲酸盐消化吸收流程;而在CC类型中，人体細胞外区、突触包覆体、突触节构是前这八个亚类。对于那些MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）灵生物、脱色复原酶灵生物和酸氨（或酰胺）连入酶灵生物是前这八个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG环路探讨中，前30条丰度度上限的环路有27条归属消化吸收，这当中甲烷气体消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收数字信号环路重要丰度（图1D）。

图1|转录混合物析和性能各类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄虫草真菌感染菌丝体采取淀粉酶质组学概述，加起来认定了16,457种奇特肽、2606种淀粉酶质和2588种一定量淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选状况下，在那2606种淀粉酶质中，94种被技术鉴定为不一致性展示淀粉酶（DEPs），当中52种调涨，42种调低（图2A），图2C呈现了不一致性展示淀粉酶的聚类介绍法概述热图。从GO概述来讲，BP品目呈现，大都数DEPs参入冰醋酸盐细化的环节、抗菌药细化的细化的环节和抗癫痫药物细化的细化的环节。CC类DEPs在肿瘤人体神经细胞结构外区、过钝化物酶体和微体中总额非常高，钝化还原系统酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的比例表非常高（图2B）。与转录组结局相拟，KEGG环路概述呈现，多个DEPs在细化的中聚集，当中3条最聚集的行业是光合菌物中的碳确定、碳细化的和MAPK警报环路（图2D）。还有，能够概述GO数据表格库的CC对DEPs采取亚肿瘤人体神经细胞结构定位手机概述和注音（图2E），DEPs首要布置在肿瘤人体神经细胞结构质（40.66%）、肿瘤人体神经细胞结构膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），概念上是GAs菌物生成的首要位子。

图2|脂肪酸质组的参考值浅析和技能认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物还原成和比对组得票率DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个相互影响表示DNA组（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs去聚类算法介绍，感觉mRNA和淀粉酶质间有15-7个调整DNA组和5-7个降低DNA组，DEGs前者反译的DEPs表示能力呈正对应，依托于Pearson的对应公式介绍，在转录组和淀粉酶质组间检验到相比较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则成果展现，E组和C组15个DEGs的理解爱平均水平相互影响相关性，各举9个为调整DEGs，1个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的理解爱态势与转录混合物析成果相一致。

图3|高蛋白质组的化学发光法解析和用途效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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