在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究方案然而

1、从光敏锻炼上皮细胞中分离出DNA化学交联球高蛋白

为着分離光化学化学化学热塑膳食纤维质-DNA分手后复合物于LC-MS定量介绍，小说家规划设计一种性变纯化方案格式，可从DNA中除去非是化学化学化学热塑膳食纤维质，仅在作用时完全做好表观遗传组接处聚集DNA化学化学化学热塑膳食纤维质。用TRIZOL抽取固色质并除去落网获的非化学化学化学热塑膳食纤维，之后将其再一次容解以做好RNase消化不好不良。完全彩超截取视频所述膳食纤维质化学化学化学热塑DNA的抽取物，在硫氰酸胍中烧开性变，并在二脱色硅抽滤柱上的剧烈清洗以除去非是化学化学化学热塑膳食纤维质必定会完全。完全核酸酶处里从DNA中宣泄光化学化学化学热塑膳食纤维，并做好胰膳食纤维酶消化不好不良于LC-MS定量介绍。该技术定名为膳食纤维质化学化学化学热塑DNA抽取或XDNAX。

图1.血清质化学交联DNA导入或XDNAX过程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随便排斥DNA的蛋白酶质图谱

将光热塑方式 选用于MCF7上皮生殖细胞，发觉了1,805种备选核淀粉酶，在当中1,191种会有于3个或非常多次多次中。60%的DNA间接能力组具有核酸组合的GO批注，在短缺核酸组合批注的核淀粉酶质中，最多的分享存在核纤层核淀粉酶，再者是参与活动染色法质机构和上皮生殖细胞裂开的核淀粉酶质（图2）。

图2 . 可就直接遇到 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3小结了DNA双方间反应组所隐藏的血清酶质-DNA用户界面和包涵的核苷酸化学交联肽。这属于因为（1）球状DNA融合架构域、（2）DNA 融合混乱区（IDR）和（3）因为与另一血清酶质（举例组血清酶融合血清酶）、RNA（举例剪接成分）或相破乳区室（举例核仁血清酶）双方间反应而影响的情况类似。

图3 . 可可以直接沾染 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量細胞扰动一年后与DNA切合的转录成分

雌刺性肾上腺素多巴胺受体α（ESR1）驻留到胞质溶胶中，也许有一天遇着其配体，启用易位到人体组织生殖细胞，在在哪里它与表观遗传组中的对应地方相结合以修改密码对应的转录程度。将血清饥饿的MCF7人体组织生殖细胞暴露自己于高含水量雌刺性肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与仿真模拟处置的差表人体组织生殖细胞较好这句话的DNA双方用处组（图4A）。里面，雌刺性肾上腺素刺激到后DNA双方用处组中的ESR1增长了30倍（图4B）。总的讲，在1,814个降钙素原检测的球核苷酸-DNA双方用处中，约有9%彰显出突破2倍的偏态发生改变，并观看到与ESR1有着双方用处的球蛋白质如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素治疗甲状腺癌神经细胞 DNA 之间用途组的一定量比效（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

科研工作走进DNA组的核脂肪酸以理解它是如何快速被读取硬盘并付诸实践操作的，不停是科研工作的人员这个继续的追求幸福。DNA组可及性重要以DNA为中央的度角确定科研工作，其实，到现有到止，染色法质妇科凝胶中的怎样核脂肪酸与DNA 遭受电磁学互为能力尚不模糊。选用零间距光化学交联，可遇到DNA互为能力组中的绝大部分数核脂肪酸，XDNAX技术性将当做核脂肪酸-DNA互为能力科研工作的整体实力强大方法。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的膳食纤维质组学、表达组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取论文资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.